结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
Neo和Smith是一对相反体，如正负数一样，所以当Smith开始复制Neo后就产生了相互抵消的效果，最后系统将他们都删除了然后完成了最后一次升级，Neo可以说是死了，从生理角度上说的话。
黑客帝国的结局，就是母体史密斯尼奥全部系统崩溃被删除史密斯在剧情中，类似一个叛逆的程序，就像病毒一样可以无限复制，母体无法对其进行控制就像我们的电脑系统，无法独立直接删除病毒一样而在大结局中，尼奥和史密斯。
因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器。
虽然眼睛被弄瞎了，但是他身为救世主的能力被完全激发，得以冲破机器帝国的重重封锁，争取到与一个与机器帝国谈判的机会，史密斯就是因为尼欧的力量才衍生出来的，可以理解为是一中在母体里肆意妄为的病毒，而尼欧就是他唯一的。
黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平但我有几个疑问，机器使用了人作为能源，而控制这些人的手段是距阵，在尼奥和建筑师对话能看到，锡安只 黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除。
洋葱理论没有证实之前 zion还是真实的 并不是虚拟的 在matrix2里zion看起来的确像是虚拟的 但是到3出现了逆转 neo最后是涅磐了，灵魂的躯壳还有什么用去骇客帝国吧吧，那里你能得到最好的解释。
无所谓“死”不死的 NEO本来也是程序的一部分 工程师创造了NEO用于matrix的自动升级 matrix全三集的内容都是在构建一个计算机虚拟世界 影片到最后交代自始至终都没有真正的人类和人类世界的出现 Zion也是只程序的一部分。
合体到母体里了，可以说是死了也可以说还活着。
总之，他的目的和尼奥一样，是取得自己的自由 但是，史密斯的目的是邪恶的，他希望摧毁所有威胁他的人类和机器世界，他的自由只是自己的自由四史密斯为什么可以复制自己 黑客帝国二里面有一段尼奥和一百多个史密斯对决的。
最后尼奥临危受命，在最危机的时候力挽狂澜，发挥出了潜能成为了救世主。
电影最后没有明确答复，不过先知对小女孩说我们还能再见到尼奥不过我认为即使他没死，系统的下一任救世主也将不是他了。
4注入的不是能量，是删除程序，因为史密斯们被锁定了，所以机器以尼奥通道注入删除程序，让史密斯们自爆了下面我把第2问到第4问串联起来详细解释一下黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时。
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了尼奥复活后场景特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥。
最后尼奥是故意牺牲自己的他被史密斯复制了后释放了自身的代码，这样机器老大或者说是梅区克斯就了解了代码，了解代码就能强制删除了，所以所有史密斯都被删除了这之前梅区克斯想删除史密斯，但不知道他升级后的代码所以。
在黑客帝国的背景里，我们现在生活的世界是虚拟的，是机器人制造的幻象而尼奥是预言中的救世主，但是他仍然生活在现今的幻象中，想要看清真实的世界就要重新改造，于是我们的尼奥就在培养液里醒啦，醒了之后看到的是真实的。
在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体，所以也就不会有死亡这个说法影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名。
是意念实际上安锡并非现实世界，所以尼奥仍然可以用意念所谓“现实”的锡安城虽然对立于母体，但却并非现实，而是程序世界的另一虚拟此外，尼奥分别与先知和“黑客帝国之父”进行的深奥对话中，关于尼奥的特异性和锡安城。